Maputo cung cấp nhiều lựa chọn cho giáo dục với các trường mầm non, tiểu học, trung học và các tổ chức giáo dục đại học. Chất lượng giáo trình khác nhau tùy thuộc vào việc một tổ chức là tư hay công.

Giáo dục đại học

Cơ sở giáo dục đại học lớn nhất Mozambique là Đại học Eduardo Mondlane thành lập vào năm 1968 với tên gọi Universidade de Lourenço Marques. Hầu hết các khoa và ban của các trường đại học đều nằm ở thành phố Maputo với gần 8.000 sinh viên theo học tại 10 khoa. Một số khoa cũng đặt tại Beira, Quensonane, Nampula và Inhambane.

Ngoài ra từ những năm 1990, người ta cũng chứng kiến sự phát triển nhanh chóng của các cơ sở giáo dục tư nhân cung cấp giáo dục đại học như Instituto Superior de Ciências e Tecnologias de Moçambique (ISCTEM), Instituto Superior de Tecnologias e Gestão (ISTEG) và Instituto Superior de Transportes e Comunicações (ISUTC).